当山は山田寺（さんでんじ）とも号し、寺伝によれば、『西遊記』で有名な玄奘三蔵について修行した道昭により、６７７年（天武天皇６年）の草創で、その弟子２世道楽、３世行基と相承、行基住持の７３５年（天平７年）に至り、七堂伽藍と６０余院が完成したといわれる。
　平安時代の始め、嵯峨天皇が河内・交野離京に行幸の８１４年（弘仁５年）２月と同７年２月の水生野（みなせ）ヶ原行宮所にて、それぞれ綿１００屯を当寺に施入している。朝廷恒例の「御読経道場」二十一大寺中に加えられている格式の高い寺である。府文化財指定の木造地蔵菩薩立像（平安初期）・慶安二年に京都所司代板倉重宗寄進の釣鐘などが伝わっている。

　応仁年中（１４６７～６９年）と天正年間（１５７３～９２年）に兵火に罹ったと伝えるが、当寺に伝わる１５３３年（天文２年）の文書には、前年細川晴元方の、池田・伊丹両氏が島下郡の一向宗を掃討した際に類火炎上したが、直ちに再建された旨が記されている。
　また、寺の背後の行基山は水に乏しかったが、行基菩薩の祈祷により、「佐井の清水」が湧水したともいわれており、吹田三名水の一つに挙げられており、境内にその地下水が引かれている

摂州島下郡佐井寺村山田寺境内之図　製作年代不詳

山田寺は、明治の「寺社分離」の結果領域が神社と区分されています。

本堂裏の道の石段上がった右側斜面下「五衰殿石塔」「おこうずゐ池」を含む部分が山田寺領分となっています。